Rodil se je v Ljubljani (hiša stoji zraven Križank v sedanji Gosposki ulici 19). Njegovo krstno ime je bilo Mihael Raimond. Njegov stari oče, Miha Pregelj, je bil doma z Ustja, Šmartno pri Litiji.
Šolal se je na ljubljanski klasični gimnaziji na današnjem Vodnikovem trgu. Po maturi je študiral medicino v Gradcu in bil leta 1894 promoviran za »doktorja vsega zdravilstva« (medicum universum). Leta 1891 je postal asistent na fiziološkem inštitutu v Gradcu, kjer je ostal do leta 1903. Zaradi težnje po temeljiti izobrazbi se je poleg svojega osnovnega medicinskega področja poglabljal v študij kemije in se v letih 1904 in 1905 strokovno izpopolnjeval v več laboratorijih po tedanji Nemčiji. Po vrnitvi v Gradec je prevzel mesto asistenta na inštitutu za medicinsko kemijo, kjer se je ukvarjal z elementi analize kemičnih spojin, še posebej želodčnih kislin. Izboljšal je do tedaj znane kvantitativne organske mikroanalize in dosegel, da je za analizo zadostovala manjša količina vzorčne snovi ter natančnost tehtnice do milijoninke grama in izdelal primerno laboratorijsko opremo za tako natančne analize snovi v organskih substancah.
Bil je zelo delaven, ostal je samski in je ves svoj čas posvetil znanosti. V začetku zime leta 1930 je zbolel za pljučnico. Umrl je v Gradcu in je pokopan na pokopališču Sv. Leonharda v Gradcu, v mestu, kjer je dosegel največje znanstvene uspehe. Po njem so poimenovali eno od ulic v Gradcu.
Številni znanstveni uspehi in objave so mu prinesli velik ugled in nazive:
1920 - častni doktor univerze v Göttingenu
1929 - častni občan mesta Gradec
1923 - Nobelova nagrada za kemijo
Večji del Nobelove nagrade je podaril graški univerzi za gradnjo laboratorijev.
Svoje premoženje je malo pred smrtjo zapustil Akademiji znanosti na Dunaju in še sedaj iz njegovega sklada redno izplačujejo Preglove nagrade za mikrokemijo. Leta 1925 je Univerzi v Ljubljani poklonil mikroanalitsko aparaturo, ki jo hrani kemijska fakulteta.
Za odlične rezultate znanja iz kemije se podeljujejo najboljšim osnovnošolcem in srednješolcem Preglova priznanja in plakete na vsakoletnem državnem srečanju mladih kemikov.